はい、プリントアウトしたものでもマレーシア国鉄の列車に乗ることができます。
KTMのチケットを購入すると、確認書が送られてきますが、その少し後に実際のチケットがPDF形式で送られてきます。そのPDFをプリントアウトして列車に乗り込みます。カウンターでチェックインする必要はありません。